Alternateとは、PC版のサイトのほかにモバイル版のサイトが存在することをGoogleへ伝えるタグです。
PCとスマホで別URLでサイトが存在する場合、Googleは同一コンテンツのサイトが複数存在すると認識してしまう恐れがあります。そこでaltenateタグを記述し、PC版とは別にモバイル版のサイトがあることをGoogleへ伝えることで、重複扱いを避けることが可能になります。
実装の際は、基本的にPC版とスマホ版で対となるページにセットで記述し、PC版とモバイル版が同一URLの場合は不要です。